工藤新一因为黑衣组织的APTX——4869药物而变成了发育时期的小孩；如果被黑衣组织发现，不仅会性命不保，而且还会威胁到身边的人，因此在阿笠博士的建议下改名为：江户川柯南，并且寄住在青梅竹马毛利兰的侦探事务所。另外一面，日本著名盗窃小偷——怪盗基德，为了找出杀害自己父亲的凶手而开始盗窃世界著名宝石。